Peptide Library

生產多樣辨識目標抗體、抗原決定位圖譜定位(epitope mapping)及胜肽與目標蛋白與其它物質親和性實驗,需篩選出特定序列等實驗時會需要建立peptide library,目的是找到有效最短區域,library是如何尋找最短區域的一些方法及規則。

  1. Overlapping peptide library:原始有效序列分成許多序列且有重疊的等長片段,最佳長度為8~20 個胺基酸,重複片段至少6個胺基酸

圖、Overlapping peptide library

2. Alanine scanning library:原始序列中,用Ala個別置換不同位置,連帶影響epitope的活性,鑑定單一胺基酸對整條序列活性的影響,會用Ala是因為它是最小的掌性胺基酸,因此最常用來取代其他胺基酸位置,然而其他胺基酸也可以這樣使用,但是需要經過評估。

圖、Alanine scanning library

3. Truncation library:找出最有效且片段最短的序列,從N端或C端序列開始一個一個減少,製造出許多短片段,而在Alanine scanning library之後會知道關鍵胺基酸是哪一個,再藉由truncation的方式scanning關鍵胺基酸附近的序列。

圖、Truncation library

4. Positional scanning library:同一位點用其他不同胺基酸取代,決定序列中有活性且有作用的區域及位點。

圖、Positional scanning library

5. Random library:胺基酸序列中某一個或某數個特定位置,被由20種胺基酸機率均等的方式所取代,這些排列組合即產生許多具有可能增加及降低活性的peptide 序列,適合用來找出具有高度活性序列的實驗

圖、Random library

6. Scrambled library:已知的有效序列,做胺基酸位置的排列組合,序列變化性是最高的,通常是用來當作negative control證明原始排列組合的序列具有功能及活性

圖、Scrambled library

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